자운서원은 1615년(광해군 7년) 선생의 학문과 덕행을 추모하기 위해 건립되어 효종 원년(1650) ‘자운(紫雲)’이란 현액을 하사받은 사액서원이다 1713년(숙종 39년)에 선생의 제자인 김장생(金長生)과 박세채(朴世采) 선생을 추가로 모셔졌다. 1683년 (숙종 9년)에 건립된 ‘자운서원 묘정비(紫雲書院 廟庭碑)’와 ‘이이선생 신도비’ 유적등이 있으며 율곡 선생의 유품 및 일대기를 전시한 율곡기념관이 자리잡고 있다.

1868년 (고종 5년)에 대원군의 서원철폐령으로 훼철되어 빈터에 묘정비만 남아있다가 1970년 유림의 기금과 국가지원을 받아 복원하였고 1973년 경내 주변을 정화하였다. 1973년 자운서원, 율곡이이묘, 신사임당묘가 각각 경기도문화재로 지정되었다가 2013년 2월 율곡이이 관련 유적이 한 공간에 모여 있는 장소성이 인정되어 국가사적 제525호“파주 이이 유적”으로 승격되었다.

최근에 사당 전면에 강당과 동재, 서재, 협문, 외삼문을 신축하고 주변을 정비하였다. 사당 내부에는 이이의 영정을 중심으로 좌우에 김장생과 박세채의 위패를 모셨으며 매년 음력 8월 제향 행사가 치러진다.