윤 일병 사망사건을 계기로 실시된 '전군특별인권교육'에서 국군양주병원장이 이 사건을 '마녀사냥'에 비유하며 폄하하는 발언을 해 논란이 일고 있다. 

11일 군에 따르면 지난 8일 오전 국군양주병원에서 실시된 인권교육에서 병원장 이모(47) 대령은 "세월호나 이런 사건(윤 일병 사건) 났을 때 사회적인 반응이나 뉴스를 보면 완전 마녀사냥"이라고 말했다.
이 대령은 또 "보궐선거에서 국민이 세월호에 피로해 한다는 게 나타나자 다른 사회적 이슈를 부각시키려는 사람들이 윤 일병 사건을 선택했다"고 주장했다.

그는 이어 "소나기는 피해간다고, 혹시라도 빌미를 제공해 마녀사냥에 걸리지 않도록 조심해 달라"고 당부했다. 

이날 교육은 국방부가 윤 일병 폭행 사망사건의 심각성을 깨닫고 하루 동안 모든 일과를 중단하고 창군 이래 처음으로 전군을 대상으로 실시한 것이다.

그럼에도, 일선 지휘관이 이번 사건을 '마녀사냥'이나 '피해가야 할 소나기' 정도로 인식하고 간부들에게 교육한 것은 군기와 인권에 대해 비뚤어진 시각을 지니고 있음을 보여주는 것이라는 비판이 일고 있다.

이 대령은 교육에서 사실을 왜곡하고 시민단체를 '소송꾼'으로 깎아내리는 발언도 했다. 

그는 "(군인권센터)사무실이 국군의무사령부 앞에 있는데 진료가 불만족스럽다면 소송을 대신 해주겠다는 플래카드를 걸어놓고 그런 걸 노리는 사람이다"고 말했다.
하지만, 군인권센터는 경기도 성남시 국군의무사령부 앞이 아니라 서울시 영등포구 영등포동에 위치하고 있다. 

특히 이 대령은 윤 일병에 대해서도 "윤 일병이 좀 행동이 굼뜨고 그랬던 모양이다"며 "화가 날 때 두들겨 패서 애가 맞아 죽는 것하고, 꼬셔서 일을 시키는 것하고 어떤 것이 유리한지 병사들을 일깨울 필요가 있다"고 군간부들을 교육했다.

이 대령은 이에 대해 구타를 하지 말라는 취지였다고 설명했으나 윤 일병 사망 사건의 본질을 제대로 인식하지 못한 것 아니냐는 지적이 나오고 있다.

윤 일병은 부사관과 선임병들이 치약을 먹이고 가래침을 핥게 하는가 하면, 수액주사(링거)까지 맞게 하며 지속적이고 엽기적인 구타와 가혹행위를 해 숨졌으며, 이후 지휘관들이 보고와 처리조차 제대로 이뤄지지 않았다.

더욱이 이 대령은 윤 일병 심폐 소생술에 참여했던 의료진이다.

이 대령은 자신의 발언이 논란 일자 "부적절한 용어를 사용해 심려를 끼쳐 드린 점을 사과드린다"며 "이슈 당사자인 군이 흥분하지 말고 차분하게 본연의 임무에 충실해야 한다는 취지였다"고 해명했다. 
시민단체에 대한 발언에 대해선 "군인권센터를 다른 단체와 혼동해서 나온 말실수였다"며 유감을 표했다. 

그는 마녀사냥이라는 표현과 관련 "우리 내부에서 다른 사람의 책임으로만 돌리는 마녀사냥을 하지 말자는 것"이라며 "환자가 왔을 때 구타나 가혹행위 정황이 보이면 남의 일이라고 생각하지 말고 즉각 보고하라는 뜻이었다"고 주장했다.